农业局设9个职能股（室）：
（一）办公室
（二）政策法规股（挂新会区农业行政执法办公室、新会区农业环保能源办公室牌子）
（三）计划财务股
（四）农村经济体制与经营管理股（挂新会区农民负担监督管理办公室、农村集体资产管理办公室、农村合同管理处牌子）
（五）科教与信息股（挂新会区“菜蓝子”工程办公室、农业电子商务信息网站牌子）
（六）种植业管理股（挂新会区植物检疫站、新会区糖蔗生产办公室、新会区粮产站、新会区植保站、新会区种籽站、新会区油料站牌子）
（七）农业机械化管理办公室（挂新会区农业机械安全监督管理站牌子）
（八）畜牧兽医办公室（挂新会区饲料工业办公室牌子）
（九）农业综合开发办公室（挂新会区农业综合开发办公室、新会区土壤肥料工作站、新会区扶贫开发领导小组办公室、新会区老区建设办公室牌子）
